重庆地区汉族人群MDR1基因单核苷酸多态性及单倍型分析

作者:郑启城;冯毅;肖莉;梁筱灵;于洁 刊名:第四军医大学学报 上传者:崔秀琴

【摘要】目的:研究重庆地区汉族人群多药耐药基因1(MDR1)C1236T,G2677A/T,C3435T单核苷酸多态性(SNP)及单倍型的频率.方法:采用聚合酶链反应—限制性片段长度多态性(PCR-RELP)方法,对重庆地区196(男112,女84)名没有亲缘关系的汉族健康个体MDR1基因C1236T,G2677T/A,C3435T等3个SNPs位点进行基因分型.用SHEsis软件分析MDR1基因的连锁不平衡及单倍型频率.结果:重庆地区汉族人群中C1236T位点、等位基因频率1236C为33.7%,1236T为66.3%;G2677T/A位点、等位基因频率2677G为44.4%,2677T为43.1%,2677A为12.5%;C3435T位点、等位基因频率3435C为56.4%,3435T为43.6%.重庆地区汉族人群中MDR1基因1236-2677-3435位点构成的3种主要单倍型率(频率>10%)TTT为31.1%,TGC为21.7%,CGC为15.5%.结论:重庆地区汉族人群MDR1基因C1236T,G2677T/A,C3435T等3个SNPs位点的基因型频率、等位基因频率和单倍型频率,为研究该地区MDR1基因单核苷酸多态性与药物效果、药物毒副作用以及疾病易感性之间的相关性提供依据.

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0引言多药耐药基因1(multipledrugresistance1,MDR1)定位于人类第7号染色体长臂(7q21.1),其编码的P-糖蛋白(P-glycoprotein,P-gp)能够利用ATP水解释放能量,主动将细胞内药物转运到细胞外[1].P-gp转运的底物包括化疗药物、心血管药物、免疫抑制剂、HIV蛋白酶抑制剂[2]等.MDR1基因多态性影响了包括化疗药物、免疫抑制剂等许多药物的药代谢动力学[2-6].单核苷酸多态性(SNP)位点的分布具有明显的种族和地区差异[7],而单倍型更能概括染色体某一区域的多态性特点[8].本研究我们采用PCR-RELP方法对重庆地区汉族人群MDR1基因3个SNPs位点进行基因分型,并进行连锁不平衡(linkagedisequlibrium,LD)分析及单倍型分析,为进一步研究重庆地区汉族人群MDR1基因SNP与药物效果、药物毒副作用以及疾病易感性之间的相关性提供依据.1对象和方法1.1对象选择重庆地区196名健康、无亲缘关系的汉族献血者,男性112名,年龄19~52岁;女性84名,年龄18~55岁.血液基因组DNA提取试剂盒,2xHotStartTaqPCRMasterMix试剂盒(北京天根生化公司);EcoO109I,BanI,RsaI,DpnII限制性核酸内切酶(英国Newenglandbiolabs公司);琼脂糖(西班牙Pharmerisco公司);Mycycler-PCR仪,MiniSub-Cell核酸电泳仪(美国Bio-rad公司);紫外透射仪(美国UVP公司),引物由上海生工生物工程有限公司完成.1.2方法1.2.1外周血基因组DNA提取取300L抗凝静脉血加入900L红细胞裂解液的1.5mLEP管中.室温放置10min充分裂解红细胞,413000g离心20s,弃上清,留下白细胞层和10~20L残液,充分震荡试管,使残液中的细胞成分悬浮.按试剂盒说明提取外周血基因组DNA200L,-20保存备用.1.2.2PCR-RELP基因分型按照文献[9]限制性片段长度多态性(PCR-RELP)技术对MDR1基因C1236T(rs1128503),G2677T/A(rs2032582),C3435T(rs1045642)3个SNPs位点进行基因分型.MDR1基因C1236T位点引物为F:5-TCTTTGTCACTTTATC-CAGC-3,R:5-TCTCACCATCCCCTCTGT-3,扩增长度为502bp;G2677T/A位点引物为F:5-TCTTTGT-CACTTTATCCAGC-3,R:5-TTTAGTTTGACTCACCT-TCCCG--3,扩增长度为224bp;C3435T位点引物为F:5-CTCACAGTAACTTGGCAG-3,R:5-CTTACATT-AGGCAGTGAC-3,扩增长度为315bp.25LPCR体系为:12.5L2xHotStartTaqPCRMasterMix,上下游引物各0.5L,模板DNA2L,ddH2O9.5L.PCR反应退火温度C1236T位点为56,G2677T/A位点为55,C3435T位点为52,共35个循环.PCR扩增后进行酶切电泳分析进行基因分型.20L酶切体系:NEBuffer2L,ddH2O7L,内切酶1L,DNA产物10L,混合后37水浴过夜.取5L的酶切产物和1L的6LoadingBuffer混匀,加入含有0.01%Goldenview核酸染料的25g/L琼脂糖凝胶的上样孔中,室温下电泳50min,电压90V.紫外透射仪下观察判断结果.C1236T位

参考文献

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