应用PCR-RFLP及PCR-TGGE技术监测农田土壤微生物短期动态变化

作者:赵勇;李武;周志华;潘迎捷;赵立平 刊名:南京农业大学学报 上传者:敬相海

【摘要】在一块农田里于一个月内连续采集5次土样,提取土样微生物总DNA,应用PCR RFLP及PCR TGGE技术监测土壤微生物的动态变化。结果表明,细菌16SrDNA和真菌18SrDNA的PCR RFLP图谱在5个采样时间点上基本一致;细菌的PCR TGGE图谱平均有40条带,其相似性在90%以上,真菌的平均有20条带,其相似性在70%以上。说明这块农田土壤细菌区系短期内变化不大,而真菌区系存在较小幅度的动态变化,并且细菌多样性远远高于真菌多样性。比较两种分子生物学方法的结果表明,PCR TGGE技术比PCR RFLP技术更能精确地反映土壤微生物的动态变化,并且能同时快速地对多个样品进行有效区分。

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南京农业大学学报2005,28(3):53~57 如“啪Z D,№,彬增A咖础啪f‰抽e乃渺 应用PCR-砌FLP及PCR-TGGE技术监测农田土壤微生物短期动态变化 赵勇1⋯,李武2,周志华2,潘迎捷3,赵立平2+ (1.南京农业大学生命科学学院,江苏南京210095;2.上海交通大学生命科学技术学院,上海200240; 3.上海水产大学食品学院,上海200090) 摘要:在一块农田里于~个月内连续采集5次土样,提取土样微生物总DNA,应用PcR—RFLP及PcR-TGGE技术监测土壤微生物的动态变化。结果表明,细菌16s rDNA和真菌18s rDNA的PcR.RFLP图谱在5个采样时间点上基本一致;细菌的PCR-TGGE图谱平均有40条带,其相似性在90%以上,真菌的平均有20条带,其相似性在70%以上。说明这块农田土壤细菌区系短期内变化不大,而真菌区系存在较小幅度的动态变化,并且细菌多样性远远高于真菌多样性。比较两种分子生物学方法的结果表明,PCR.TcEE技术比PCR.RFLP技术更能精确地反映土壤微生物的动态变化,并且能同时快速地对多个样品进行有效区分。 关键词:土壤微生物;动态变化;土壤DNA提取;PcR扩增;RFLP分析;TGGE分析中图分类号:Q938 文献标识码:A 文章编号:1000—2030(2005)03一0053一05 PreHminary study on short-term dynamics of agricultural son microbial community by PCR-RFLP and PCR-TGGE techIliques ZHAO Yon91⋯,LI Wu2,ZHOU Zhi.hua2,PAN Ying-jie3,ZHAO Li—pin92+ (1.College of Life Sciences,Nanjing A曲cultural University,Nanjing 210095,China; 一 2.School of Life Sciences aIld Biotechnolog)r,Shanghai Jiaotong University,Shanghai 200240,China; 3.C01lege of Food Sciences, Shanghai Fisheries University, Shanghai 200090, China) Abstract: We studied the short—teHn dynamics of a咖cultural soil micmbial community by PCR—RFLP and PCR—TGGE techniques.rnle results showed that tbe PcR—RFLP pattems 0f bact丽al 16S rDNA and fun列18S rDNA were similar among 5 soil s砌ples which were continually s啪pled fbm a neld in one month, the similarity of bacterial community PCR—TGGE pattems were up to 90%, with 40 bands averagely per sample,and that of fungal c伽munity were up to 70%, with 20 bands avemgely per sample.

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