铁皮石斛EST-SSR分子标记的开发  

作者:付涛;胡仲义;何月秋;李文;林立 刊名:《核农学报》 上传者:艾健娜

【摘要】为了开发铁皮石斛EST-SSR分子标记,利用SSRIT软件对铁皮石斛近缘物种-金钗石斛的15 383条EST序列进行SSR位点查找,利用Primer 5和Oligo 7软件进行引物设计和评价,之后经PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳对引物进行初步筛选,并通过聚丙烯酰氨凝胶电泳对所筛选的引物进行有效性检测。结果表明,SSRIT软件共查找到370条SSR位点序列,共有379个SSR位点,候选SSR位点出现的频率为2.46%。二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的重复类型,分别占41.42%、26.91%和27.44%,其中二核苷酸重复中AG/CT(20.84%)和GA/TC(18.73%)最丰富;三核苷酸重复中TCT/AGA(4.22%)和GA/TC(3.96%)最丰富;而六核苷酸重复基元较多。EST-SSR平均长度为24 bp,平均每8.5条EST序列包含1个SSR位点。设计的106对EST-SSR引物中有50对能扩增出理想的PCR产物,引物有效扩增率为47.17%,其中有43对能够扩增出多态性条带,占可扩增引物的86%。本研究开发的43对引物为铁皮石斛遗传多样性分析、种质鉴定、遗传图谱构建和功能基因研究等提供了重要的参考价值。

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核 农 学 报 2017,31(4):0663—0670 Journal of Nuclear Agricultural Sciences 文章 编号 :1000—8551(2017)04—0663—08 铁皮石斛 EST.SSR分子标记 的开发 付 涛 胡仲义 何月秋 李 文 林 立 (宁波城市职业技术学院 ,浙江 宁波 315502) 摘 要:为 了开发铁 皮石 斛 EST-SSR分 子标记 ,利用 SSRIT软件对铁皮 石斛近缘 物种 一金钗石 斛 的 15 383 条 EST序 列进行 SSR位 点查找 ,利 用 Primer 5和 Oligo 7软件 进行 引物设 计和评价 ,之后 经 PCR扩增和 琼 脂糖凝胶 电泳对引物进行初步筛选,并通过聚丙烯酰氨凝胶 电泳对所 筛选的引物进行有效性检测。结果 表明,SSRIT软件共查找 到 370条 SSR位点序 列,共有 379个 SSR位 点,候 选 SSR位 点 出现 的频 率为 2.46% 。二核苷酸 、三核 苷酸和 六核苷 酸重复是 最主要 的重复 类 型 ,分别 占 41.42% 、26.91%和 27.44% , 其 中二核 苷酸重复 中 AG/CT(20.84% )和 GA/TC(18.73% )最丰 富;三核苷 酸 重复 中 TCT/AGA(4.22% ) 和 GA/TC(3.96% )最丰 富;而 六核苷 酸重复基元较 多。EST—SSR平 均长度 为 24 bp,平均每 8.5条 EST序 列包含 1个 SSR位点。设计的 106对 EST—SSR引物中有 50对能扩增 出理想的 PCR产物 ,引物有效扩增 率为47.17%,其中有 43对能够扩增 出多态性条带,占可扩增引物的86%。本研究开发的 43对引物为铁 皮石斛遗传多样性分析、种质鉴定、遗传图谱构建和功能基因研究等提供 了重要的参考价值。 关键词:铁 皮石 斛 ;金 钗石 斛 ;EST-SSR;分子标 记 ;引物 开发 DOI:10.1l869/j.issn.100—8551.2017.04.0663 铁 皮 石 斛 (Dendrobium officinale Kimura et Migo) 为 石 斛 之 极 品 ,因其 表 皮 呈 铁 绿 色 而 得 此 名 ,又 名 耳 环 石 斛 、铁 皮 兰 、黑 节 草 等 ,为 兰 科 石 斛 属 多 年 生 草 本 植 物 ,其 药 用 价 值 极 高 ,有 “仙 草 ”之 美 誉 , 乃 中华 九 大 仙 草 之 首 ⋯ 。铁 皮 石 斛 以 含 有 丰 富 的 多 糖 而 著 称 ,此 外 还 含 有 诸 多 其 它 成 分 ,如 一 些 次 生代谢 产物 (黄 酮 、生物 碱 、香豆 素 、联苄 类和 菲类 化合物 等 )、氨基 酸类物 质 、微量元 素等 ,极其复 杂 的化学成 分 使 其具 有 丰 富 的生 物 学 效 应 ,如抗 肿 瘤 、抗 艾 滋 病 、抗 衰 老 、降 血 脂 、降 血 糖 等 ¨ 。铁 皮 石 斛 主 要 分 布 于 东 亚 、东 南 亚 及 澳 大 利 亚 等 国 家 和 地 区 ,在 我 国 主 要 分 布 于 秦 岭 、淮 河 以南 的 云 南 、广西 、贵州 、浙 江等 地 的山 区 ,其 中 ,浙 江 东部 的鄞县 、天 台 、仙 居 也 有分 布 。然 而 ,由于 近 年来 人 类长期 无节制 的采挖 ,其 野 生资 源 已濒 临灭绝 , 目前 已被 禁 止 采 摘 ,并 于 1987年 被 正 式 列 入 珍 稀

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