拟南芥丝氨酸羧肽酶类蛋白家族的基因组学分析

资源类型: 资源大小: 文档分类:生物科学 上传者:黄庆凤

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【作者】 冯英  刘庆坡  贾佳  薛庆中 

【关键词】丝氨酸羧肽酶 基因家族 拟南芥 系统发生 进化 

【出版日期】2005-08-10

【摘要】基于隐马可夫模型,利用已知丝氨酸羧肽酶(SerineCarboxypeptidases,SCP)氨基酸序列作为训练集,搜索拟南芥全蛋白质组数据库,鉴定了54个推定的SCPL(丝氨酸羧肽酶类,SerineCarboxypeptidaseLike)基因,详细分析了各基因的结构特征、染色体定位与编码的蛋白质序列,发现7个可能最近发生复制事件的基因簇聚区,并且其SCPL基因广泛存在交替剪接方式。系统进化分析表明,88.9%基因编码的蛋白质属于双链羧肽酶Ⅰ或Ⅱ亚族,仅11.1%蛋白质属于单链羧肽酶Ⅲ亚族,暗示SCP蛋白不仅具有独特拓扑结构的催化中心与高度保守的“α/β水解酶折叠”三级结构,其DNA或蛋白质序列特征也可以作为系统进化研究依据。

【刊名】遗传学报

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