烟草疫霉SSR分子标记的开发与初步应用

作者:崔林开;高鹏飞;刘精精;康业斌;胡艳红;赵启美 刊名:《植物病理学报》 上传者:薛可

【摘要】为开发烟草疫霉的SSR分子标记,利用MISA软件搜索烟草疫霉基因组序列中的SSR位点,共发现1311个SSR位点,优势SSR位点为二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的56.45%和39.36%;根据分析到的SSR位点使用Primer 5.0软件设计48对SSR引物,以7株烟草疫霉的DNA为模板对这些引物进行筛选,共获得扩增条带清晰且具有多态性的SSR引物20对,然后使用其中的6对SSR对32株烟草疫霉进行UPGMA聚类分析,遗传相似系数在0.60~1.00之间,在相似系数0.70水平上,可将其划分为3个类群,类群Ⅰ包含29个菌株,类群Ⅱ包含1个菌株,类群Ⅲ包含2个菌株,显示出较低的遗传分化水平。这些SSR引物的开发将为研究我国烟草疫霉的遗传多样性、群体遗传结构以及遗传图谱构建等奠定基础。

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植物病理学报 ACTA PHYTOPATHOLOGICA SINICA 48( 4): 474-481( 2018) 收稿日期: 2017-10-18; 修回日期: 2017-12-04; 网络出版时间: 2017-12-06 网络出版地址: http: / /kns.cnki.net/kcms/detail/11.2184.S.20171206.1322.001.html 基金项目: 公益性行业( 农业) 科研专项( 201303018) ; 国家自然科学基金( U1404318) ; 河南科技大学培育基金( 2013ZCX013) ; 河南科技大学青年基金( 2012QN001) 通讯作者: 赵启美,副教授,主要从事微生物来源活性物质研究; E-mail: lyzhaoqm@ 163.com 第一作者: 崔林开,副教授,主要从事植物病害综合防治研究; E-mail: cuilk@ haust.edu.cn。 doi: 10.13926/j.cnki.apps.000175 烟草疫霉 SSR 分子标记的开发与初步应用 崔林开,高鹏飞,刘精精,康业斌,胡艳红,赵启美* ( 河南科技大学林学院,洛阳 471023 ) 摘要: 为开发烟草疫霉的 SSR 分子标记,利用 MISA 软件搜索烟草疫霉基因组序列中的 SSR 位点,共发现1 311个 SSR 位点,优势 SSR 位点为二核苷酸和三核苷酸,分别占总 SSR 位点的56.45%和39.36%; 根据分析到的 SSR 位点使用 Primer 5.0 软件设计 48 对 SSR 引物,以 7 株烟草疫霉的 DNA 为模板对这些引物进行筛选,共获得扩增条带清晰且具有多态性的 SSR引物20 对,然后使用其中的6 对 SSR 对32 株烟草疫霉进行UPGMA 聚类分析,遗传相似系数在 0.60~1.00 之间,在相似系数 0.70 水平上,可将其划分为 3 个类群,类群 I 包含 29 个菌株,类群 II 包含 1 个菌株,类群 III 包含 2 个菌株,显示出较低的遗传分化水平。这些 SSR 引物的开发将为研究我国烟草疫霉的遗传多样性、群体遗传结构以及遗传图谱构建等奠定基础。 关键词: 烟草疫霉; SSR; 筛选; 聚类分析 Development of SSR markers for Phytophthora nicotianae and its preliminary appli-cation CUI Lin-kai,GAO Peng-fei,LIU Jing-jing,KANG Ye-bin,HU Yan-hong,ZHAO Qi-mei* ( Forestry College,Henan University of Science and Technology,Luoyang 471023,China) Abstract: The objective of this research is to develop SSR markers in Phytophthora nicotianae. A total of 1 311 SSR loci were identified from the P. nicotianae genome using MISA software. Trinucleotide and tetranucleotide were dominant motifs which accounted for 56.45% and 39.36%,respectively. Based

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