绿尾虹雉全基因组微卫星分布规律研究

作者:崔凯;岳碧松; 刊名:四川动物 上传者:杨丽

【摘要】分析了绿尾虹雉Lophophorus lhuysii全基因组中微卫星的数量和分布规律,并对外显子中含有微卫星的基因进行了注释分析。结果显示,在绿尾虹雉1. 01 Gb的全基因组中,1~6个碱基重复类型的完美型微卫星序列共292 430个,总长度5 465 549 bp,相对丰度为290. 47个/Mb,占全基因组的0. 54%,序列长度主要为10~43 bp。不同类型的微卫星中,单碱基重复类型数量最多,长度为3 535 260 bp,占71. 75%,其次是四碱基(611 568 bp,9. 99%)、二碱基(376 944 bp,7. 07%)、三碱基(335 742 bp,6. 38%)、五碱基(500 615 bp,3. 93%)和六碱基(105 420 bp,0. 88%)重复类型。在绿尾虹雉全基因组中,数目最多的10种优势微卫星分别是:A、C、AAAC、AT、AAAT、AC、AAT、AAC、AG、AAAAC,共计占90. 20%,表现出明显A偏倚。分布于外显子的微卫星有2 816个,内含子的有101 791个,基因间区的有187 823个。外显子的微卫星分布于1 314个编码基因中。GO注释分析发现,这些编码基因主要与细胞组分有关,富集前10的条目主要与代谢、转录和合成过程有关。KEGG富集最显著的通路是黏着连接通路。位于外显子的微卫星移码突变可能会造成基因突变,进而可能会影响绿尾虹雉对环境信号的处理。本研究为绿尾虹雉的微卫星筛选和进一步的遗传多样性、功能研究提供了数据基础,从分子角度为绿尾虹雉的保护提供了基础信息。

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四川动物 Sichuan Journal of Zoology 2018,37( 5) : 533 -540 收稿日期:2018-03-22 接受日期:2018-05-15 基金项目: 珍稀动物濒危机制及保护技术研究项目( 2016YFC0503200) 作者简介: 崔凯,女,硕士研究生,主要从事动物基因组和转录组分析研究工作,E-mail: katecuikai@ gmail. com * 通信作者 Correponding author,E-mail: bsyue@ scu. edu. cn DOI:10. 11984/j. issn. 1000 -7083. 20180096 绿尾虹雉全基因组微卫星分布规律研究 崔凯,岳碧松* ( 四川大学生命科学学院,生物资源与生态环境教育部重点实验室,成都 610065) 摘要: 分析了绿尾虹雉 Lophophorus lhuysii 全基因组中微卫星的数量和分布规律,并对外显子中含有微卫星的基因进行了注释分析。结果显示,在绿尾虹雉1. 01 Gb 的全基因组中,1 ~6 个碱基重复类型的完美型微卫星序列共 292 430 个,总长度 5 465 549 bp,相对丰度为 290. 47 个/Mb,占全基因组的 0. 54%,序列长度主要为10 ~43 bp。不同类型的微卫星中,单碱基重复类型数量最多,长度为 3 535 260 bp,占 71. 75%,其次是四碱基( 611 568 bp, 9. 99%) 、二碱基( 376 944 bp,7. 07%) 、三碱基( 335 742 bp,6. 38%) 、五碱基( 500 615 bp,3. 93%) 和六碱基 ( 105 420 bp,0. 88%) 重复类型。在绿尾虹雉全基因组中,数目最多的 10 种优势微卫星分别是: A、C、AAAC、AT、AAAT、AC、AAT、AAC、AG、AAAAC,共计占 90. 20%,表现出明显 A 偏倚。分布于外显子的微卫星有2 816 个,内含子的有 101 791 个,基因间区的有 187 823 个。外显子的微卫星分布于1 314 个编码基因中。GO 注释分析发现,这些编码基因主要与细胞组分有关,富集前 10 的条目主要与代谢、转录和合成过程有关。KEGG 富集最显著的通路是黏着连接通路。位于外显子的微卫星移码突变可能会造成基因突变,进而可能会影响绿尾虹雉对环境信号的处理。本研究为绿尾虹雉的微卫星筛选和进一步的遗传多样性、功能研究提供了数据基础,从分子角度为绿尾虹雉的保护提供了基础信息。 关键词: 绿尾虹雉; 基因组; 微卫星 中图分类号: Q959. 7; R857. 3 文献标志码: A 文章编号: 1000 -7083( 2018) 05 -0533 -08 Distribution Patterns of Microsatellites in the Genome of Lophophorus lhuysii CUI Kai,YUE Bisong* ( Key Laboratory of Bio-Resource and Eco-Environment of Ministry of Education,College of Life Sciences, Sichuan University,Chengdu 610065,China) Abstract: In this study,the quantity and distribution of genome-wide microsatellite

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